Se fue del Hércules dando un portazo tras su enésimo desencuentro con Enrique Ortiz y Juan Carlos Ramírez. Fue su segunda dimisión en pocos meses después de quedar convertido en el «apagafuegos» del máximo accionista. El empresario no dudaba en contactar con él cada vez que necesitaba apaciguar los ánimos de una afición cada vez más encendida. No costaba mucho convencerlo porque en el fondo Quique Hernández sentía los colores blanquiazules como nadie. Han sido cinco etapas en el Hércules y eso marca para bien o para mal. Pero el último enfrentamiento con Ortiz fue el definitivo, el máximo accionista no aceptaba los planes deportivos de su presidente y ahí se acabó todo para un auténtico hombre de fútbol que acumula años de experiencia, algo que se le puso en bandeja a Salva Martí, presidente y dueño del Intercity.
Dos años de contrato como máximo responsable de la parcela deportiva y libertad para hacer y deshacer sin que la excusa económica, algo que siempre fue un quebradero de cabeza en el Hércules, sea ahora un problema, más ahora que el Intercity dobla la apuesta con la entrada de Perfecto Palacio, otro exherculano, en el accionariado del club de Sant Joan.
Quique cambia de acera dejando atrás cinco etapas en el Hércules, tres como entrenador y dos como presidente. Es el técnico que más veces ha dirigido al Hércules con 207 partidos mientras que su primera etapa como presidente se caracterizó por traer paz al club. Enrique Ortiz acudió a él buscando un rescate después de 15 meses tras presentar su dimisión. Llegó en el peor momento de la historia del club en busca de evitar una tragedia con el descenso a Tercera División. No se sabe qué hubiera pasado sin la irrupción del coronavirus, pero quiso reconstruir la entidad y al final se topó con el obstáculo de siempre: Ortiz.
Su idilio con el Hércules comenzó en la temporada 1992-93 con solo 34 años. En su haber figura un ascenso y un descenso a Segunda División, pero su principal legado ha sido su cordialidad, sus buenas maneras y su total disposición a escuchar a la afición.
El Hércules fichó a Quique en 1992, un entrenador muy joven pero que llevaba ya diez años en los banquillos. El club buscaba salir del pozo de la Segunda B después de cinco temporadas. Fue un año brillante en el que Eduardo Rodríguez acaparó la mayoría de los focos con sus 40 goles. El equipo se clasificó cuarto para la liguilla de ascenso y acabó subiendo en Las Palmas. Posteriormente, Quique lideró al equipo en Segunda División realizando una buena temporada y con opciones incluso de luchar por el ascenso a Primera División. El técnico valenciano decide ese verano poner fin a su primera etapa en el Hércules y Felipe Mesones cogió su testigo, marchándose Quique al Elche.
En la 96-97, releva a Brzic. El club se encomienda a Quique Hernández para asumir las riendas del equipo y evitar el descenso. Pero el equipo seguía sin funcionar con el técnico de Anna y acabó descendiendo tras finalizar penúltimo a siete puntos de la salvación. Para el recuerdo quedarán las dos sorprendentes victorias ante el Barcelona (2-1 y 2-3) que acabó por dar el título de Liga al Real Madrid.
En la temporada 12-13, Quique sustituye a Mandiá. Al equipo, con Portillo en la delantera, le costó coger la inercia positiva y fue en el mercado de invierno cuando el Hércules optó por la revolución en su plantilla. Aquel equipo dio un salto de calidad con la llegada de los fichajes y acabó salvándose a falta de tres jornadas para el final.
En febrero de 2018. Quique asumió la presidencia de la entidad como sustituto de Juan Carlos Ramírez y comenzaron a mejorar las relaciones institucionales. Todo parecía ir por el buen camino hasta que ocho meses decide presentar la dimisión por desavenencias con Ramírez. Fue un hasta luego porque en enero de 2020 volvió de nuevo.
