El TSJCV condenó a 3 años de prisión y 9 de inhabilitación a Hernández Mateo a raíz de una denuncia de Los Verdes en 2007. En su escrito aseguraba que el primer edil se sirvió de un informe externo encargado a dedo al despacho de abogados Ariño y Asociados para adjudicar la contrata multimillonaria de las basuras en 2004 y hacerlo en contra de los técnicos que recomendaron dejar la contrata desierta. Los funcionarios indicaban que ninguna de las ofertas cumplía el requisito de garantizar terrenos urbanísticamente compatibles para ubicar una planta de transferencia de basuras.

El entonces alcalde, según el fallo, decidió encargar a un despacho un informe para valorar las ofertas. Para ello aseguró que había invitado a tres consultorías para «dar apariencia de legalidad» al proceso. Sin embargo en el juicio quedó probado que esas invitaciones no fueron cursadas y el primer edil otorgó el encargo directamente a un despacho que trabajaba para Acciona, la empresa a la que finalmente se adjudicó y a la que el Ayuntamiento ha desembolsado desde entonces casi 200 millones de euros. Inicialmente estaba estipulado un gasto de diez millones anuales, 143 millones en todo el periodo de vigencia de una década (23.000 millones de las antiguas pesetas), pero el canon del servicio se ha modificado un 40%.

Por ello, la Fiscalía acusó en el juicio a Hernández Mateo de haber elaborado una «una obra maestra falsaria con un único inconveniente, el haber sido descubierta». Los Verdes explicó que en su labor como acusación no quiso derivar la investigación al terreno de las supuestas contraprestaciones que Hernández Mateo hubiera recibido a cambio de esa actuación, para centrarse estrictamente en lo que se juzgaba.

El exdiputado calificó en varias ocasiones como «inmaculado» el proceso de selección, y derivó las responsabilidades hacia el único técnico que validó el informe externo de la decisión cuando éste había fallecido y hacia la oficial mayor. En el juicio comparecieron como testigos ediles del actual equipo de gobierno, caso de Eduardo Gil o José Sánchez, quienes reconocieron que la decisión de adjudicación se resolvió en pocos minutos, que no se habían leído en profundidad el expediente porque ya iba informado por los técnicos y que, incluso, desconocían los procedimientos de Contratación. Algo que apuntaló la decisión final del tribunal.