En el consejo de dirección de la AVI están representados los departamentos de la Generalitat con un mayor componente innovador, las universidades valencianas, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), la Red de Institutos Tecnológicos de la Comunitat (Redit), las organizaciones empresariales y los dos sindicatos mayoritarios. En total, el consejo lo componen 15 vocales, presidente y vicepresidente.
