Macao
Desde su llegada a Filipinas, la salud de Balmis era mala, encontrándose afectado por una «grave disentería con sangre». Su evidente deterioro físico motivó que el Gobernador Aguilar permitiese que Balmis y su ayudante Francisco Pastor, que además era su sobrino, viajasen pronto hacia Macao. Les acompañaron tres niños vacuníferos filipinos y partieron el 3 de septiembre de 1805, a bordo de la fragata Diligencia. Balmis cita que «los niños fueron facilitados por el cura de la parroquia de San Andrés al verle agobiado por la inminente salida de la fragata».
El viaje fue tranquilo hasta el día 10 de septiembre, cuando fueron sorprendidos por un enorme tifón que duró cinco días. Perdieron la vida veinte miembros de la tripulación y la embarcación sufrió graves daños.
Con el temor de ser abordados por piratas chinos, Balmis decidió desembarcar en una pequeña canoa junto a los niños, con el objetivo de «asegurar su vida y la vacuna». Las primeras personas que vacunó en Macao fueron el Arzobispo de Goa y el Juez Oidor Miguel de Arriaga que, con su ejemplo, lograron la aceptación de la vacunación por parte de la población. Permanecieron allí durante cuarenta días. En la ciudad se había producido un intento previo de establecer la vacuna a cargo de Pedro Huet, capitán y dueño del barco Esperanza. Éste se había vacunado él mismo y toda su tripulación en Filipinas con la vacuna llevada por Balmis, decidiendo llevarla a Macao y, en colaboración con el médico Alexander Pearson, traspasarla también a Cantón. Este intento se produjo cinco meses antes de la llegada de Balmis y resultó fallido ya que ni Huet ni Pearson supieron como conservarla y mantenerla. Fue Balmis el que consiguió establecer la vacunación en la colonia portuguesa con la ayuda del Juez Arriaga y la colaboración del cirujano militar Domingo Gomes, que quedó encargado de perpetuarla en la ciudad.
Cantón
Tanto los portugueses como los ingleses habían intentado llevar la vacuna a China desde Bombay, Madrás o Bengala, pero no habían tenido éxito.
Balmis viajó a Cantón, donde permaneció dos meses, llevando la vacuna en un joven chino, siendo el primero en introducir la vacuna en este imperio. También allí fueron exitosas las vacunaciones, siendo bien acogidas por la población china. Sin embargo, los miembros de la Compañía de Filipinas, Francisco Mayo y Martín Salaverría, no colaboraron para que Balmis introdujera la vacuna en el interior del territorio. Esta omisión fue utilizada por los ingleses para propagar en China la vacuna llevada por Balmis, lo que se tradujo en beneficios comerciales para Inglaterra. A pesar de ver limitados sus esfuerzos por introducir la vacuna, el agradecimiento del pueblo chino a Balmis se tradujo en un regalo de 300 dibujos de plantas y 10 cajones de plantas medicinales vivas, para enriquecer el Real Jardín Botánico, aunque no todas aguantaron el viaje. Años después de su vuelta Balmis donó los dibujos al Botánico, donde aún se conservan.
El regreso a España pasando por Santa Elena
El 12 de diciembre de 1805 viaja de nuevo desde Cantón a Macao. Allí reemprende la colaboración con el Dr. Gomes prosiguiendo el programa de vacunación ya establecido. Balmis había entablado una buena amistad con Francisco Pereira Thovar un agente de la compañía propietaria del barco Buen Jesus de Alem que le ofreció un pasaje en el mismo, finalmente financiado por un miembro de la Compañía de Indias. El día 31 de enero de 1806 se embarcó en el navío portugués, con destino a Lisboa. A principios de junio, Balmis llegó a la isla de Santa Elena, donde la vacunación no se practicaba, por lo que procedió a su introducción. Continuó rumbo a Portugal el día 17 de junio. Casi dos meses después, el 14 de agosto, llegó a Lisboa. Desde allí, volvió a embarcarse rumbo a «una aldea Gallega», emprendiendo el último tramo de su recorrido en dirección a la capital. Carlos IV había establecido la Corte en San Idelfonso, el día 7 de septiembre de 1806, Balmis besó la mano del rey, siendo recibido con gran entusiasmo por la Corte, dado el éxito de su empresa. Tal fue el regocijo que produjo la llegada del Director de la Real Expedición Filantrópica de la Vacuna, que el día 11 de noviembre de ese mismo año, en la Gaceta de Madrid, se le dedicaron casi siete páginas a la expedición. Así se recogía cómo se celebraba su regreso: «No solamente ha conseguido la expedición propagar la vacuna por toda la tierra en los pueblos amigos y en los enemigos, entre los Moros de las Bisayas, y entre los Chinos, sino asegurar a la posteridad en los dominios del Rey la perpetuidad del beneficio...». Balmis había conseguido la fama y el éxito soñados, sin embargo, una amenaza se cernía sobre él y sobre España. «Se continuará...»
Santa Elena, Jenner, Balmis y Napoleón
A «15 grados sur de la equinoccial», en el océano Atlántico, ubicó Balmis la isla de Santa Elena, territorio británico de Ultramar. Era un enclave crucial para el comercio entre Inglaterra y China, y paso obligado para los navíos portugueses en sus viajes hacia Asia. Balmis llegó a la isla a principios de junio, donde fue recibido por el Gobernador, Coronel Robert Patton, que lo sorprendió con la noticia de que la vacuna no había sido introducida en este territorio, y además, se mostró renuente a dejar que Balmis la introdujese. Sin embargo, tras conversar con personas influyentes de la isla, convencieron al Gobernador para iniciar la vacunación. El 16 de junio, antes de salir rumbo a Portugal, Patton le hizo entrega de un paquete sellado. Al abrirlo, Balmis encontró un contenedor con linfa y las instrucciones para aplicarla, escritas por la mano del mismísimo Jenner. El paquete había llegado años antes a la isla. En Santa Elena, nueve años después, Napoleón Bonaparte, pasaría su exilio y últimos años de vida, falleciendo el 5 de mayo de 1821.
