En 1582, durante el reinado de Felipe II, se creó la Academia de Matemáticas de Madrid, antecedente de la moderna Academia de Ciencias. Surgió del ambiente creado por la convivencia de los cosmógrafos con los arquitectos e ingenieros civiles al servicio del monarca y también con destacados artilleros e ingenieros militares. La idea de la fundación de la Academia de Matemáticas partió de Juan de Herrera, que fue también su primer director (1583-1597). Posteriormente, tras el florecimiento en Europa durante el siglo XVII de las Academias de ámbito científico, en 1734 se fundó la Real Academia de Medicina y Ciencias Naturales que, poco después, el marqués de la Ensenada encargó a al marino alicantino Jorge Juan que independizara en sus dos ramas científicas, llegando a redactarse en 1752 el Plan de Ordenanzas para la Sociedad Real de Ciencias de Madrid. Este proyecto y la Academia se hundieron con Ensenada en su caída en 1754. Hubo que esperar al 7 de febrero de 1834 para que se produjera un nuevo intento: el decreto de creación de la Real Academia de Ciencias Naturales de Madrid que, 13 años después, fue declarada suprimida al otorgarse el Real Decreto de creación de la Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, el 25 de febrero de 1847. Desarrolló su primera andadura en varios alojamientos (en el Museo Nacional de Pinturas, en la Torre de los Lujanes), hasta llegar, en 1897, a su sede actual en el edificio de la calle Valverde, números 22 y 24.
