El mal estado que presenta la ermita de Villa Flora ha llevado al área de Urbanismo del Ayuntamiento de Sant Joan a exigir a su propietario que lo arregle a través de una orden de ejecución. El edil Sergio Agueitos señala que el hecho de carecer de vallado y de estar rodeada de vegetación supone un riesgo de accidente ya que cualquiera puede acceder al interior son el motivo principal.