Cuando murió su amigo Xul Solar, Borges dijo de él «Todo hombre memorable corre el albur de ser amonedado en anécdotas» para a continuación contar una sobre Xul. De la misma manera, Borges ha sido amonedado en varios temas, que forman parte del imaginario del escritor, y que están fuertemente ligados a su figura.
Uno de los que más fuertemente ha arraigado en los lectores es el del laberinto. En la práctica totalidad de sus libros de cuentos aparecen, de manera real o figurada, los laberintos. Por citar solamente algunos, en La biblioteca de Babel es una red de librerías; en La muerte y la brújula se trata de un libro y de un jardín; y en La casa de Asterión es el primer laberinto de la literatura, el del Minotauro. Tanto en cuentos y poemas, trató el asombro de construir una casa para que las personas se perdieran en ella. Cuando los laberintos en su prosa no son físicos, están urdidos textualmente en juegos
La traición y la venganza fue también una de las obsesiones más queridas por Borges: en sus cuentos a menudo el traidor realmente es una persona que acepta un destino superior a él mismo, y la venganza toma forma de inútil demostración de honor, como en el ya citado El Sur. Tema del traidor y del héroe o Los dos reyes y los dos laberintos son también cuentos donde encontramos este tema .
La realidad ilusoria era otro de sus temas más queridos: la literatura y la autoficción como dos realidades sin barreras entre ellas, unidas al mundo como un espacio irreal. Borges es el protagonista de muchos de sus relatos; lejos de ser un acto de vanidad, es la excusa perfecta para desdibujar al protagonista y dejar espacio al hecho fantástico, como en Tlön, Uqbar, Orbis Tertius, donde Borges y Bioy descubren a través de una enciclopedia apócrifa un universo imposible; o en 25 de agosto de 1983, donde un Borges anciano se encuentra en Ginebra con su yo adolescente el día que decide suicidarse.
Así como Borges expresó su querencia por los tigres o los puñales, y por eso aparecen con frecuencia en sus cuentos y poemas, no habló de una circunstancia recurrente: un personaje confinado en una cárcel, física o mental. Por ejemplo, en Deutsches Requiem un soldado alemán repasa desde su celda los horrores nazis sin arrepentimiento; en La escritura del dios, un sacerdote precolombino observa a su compañero de jaula, un jaguar en cuya piel encuentra un mensaje oculto cifrado por la deidad; en El milagro secreto, Hladík ve cómo Dios escucha sus súplicas y detiene el tiempo en el momento en que va a ser fusilado, dejándole un año para componer en su mente una obra de teatro. Es difícil no citar a Borges sin hablar de El Aleph. En él, el propio Borges se ve paralizado cuando ve «(?) el populoso mar, el alba y la tarde, las muchedumbres de América, una plateada telaraña en el centro de una negra pirámide, un laberinto roto (?)» y todo lo que sigue, pese a que el lenguaje es sucesivo y no es capaz de describirlo.
