La sentencia del caso Mercalicante respalda las tesis de las acusaciones ejercidas por el Ayuntamiento de Alicante y por la propia Mercalicante, que exigían la responsabilidad penal de los ahora condenados. Los letrados de la acusación los consideraban como una pieza clave en el entramado de José Emilio Clavero por el caso Mercalicante. Una tesis diferente a la de la Fiscalía Anticorrupción que sostenía que Clavero contó en todo momento con el respaldo de sus superiores en la gestión de la empresa mixta y que éstos no eran ajenos a las irregularidades. Esa puerta fue cerrada tanto por el Tribunal Superior de Justicia y por la Audiencia Provincial cuando dejaron fuera de la causa a los políticos que formaban parte de la comisión ejecutiva de Mercalicante, entre ellos el entonces alcalde Luis Díaz Alperi y los ediles Juan Zaragoza y José María Rodríguez Galant. Tras haber quedado todos los políticos fuera de la causa, la Fiscalía reclamaba penas mínimas para Clavero, al considerar que si la causa se había archivado para los políticos, también debía hacerse lo mismo para Clavero. Sobre el papel, la Fiscalía sólo mantuvo la acusación en el juicio para un acusado, que ha sido el contable que ha sido absuelto por la sala. El PSOE llevaba la acción popular en la causa pero se retiró del proceso una semana antes del inicio del juicio. El fallo apenas entra a valorar el papel de la comisión ejecutiva de Mercalicante. En toda la resolución, el nombre de Luis Díaz Alperi sólo aparece en una ocasión para señalar que durante su declaración en el juicio, el exalcalde relató que el consejo de administración de Mercalicante decidió ejercitar el derecho de retracto por un importe de 44 millones de las antiguas pesetas «recuperando la posesión mediata e inmediata de la nave».
