Durante los preparativos de la visita del papa el director de Vaersa era Juan Manuel Bellver Ribes (en el cargo desde 2003) y actualmente pendiente de juicio por la pieza separada de la trama Gürtel que juzgará la adjudicación de contratos menores por varias «conselleries» a las empresas de Francisco Correa. El 30 de mayo de 2006 también se produjo el relevo en la Conselleria de Territorio, de quien dependía Vaersa: Rafael Blasco fue sustituido por Esteban González Pons como máximo responsable del departamento al frente de las materias de urbanismo y medio ambiente y las empresas públicas que dependían de él.
