De la Fuente llegó a 2014 a Madrid para encabezar la fundación Fedea, un centro que atravesaba una crisis institucional. El ministro de Hacienda y Administraciones Públicas, Cristóbal Montoro, lo escogió como director del equipo de expertos responsable de la búsqueda de un nuevo modelo para el cálculo de balanzas fiscales autonómicas, algo en lo que se ha convertido en todo un referente. De la Fuente es muy crítico con el cupo vasco, como ha demostrado en estos últimos días.
