En los santuarios de animales suelen habitar los denominados «animales de granja»: vacas, cerdos, gallinas, etc., estrechamente vinculados a la industria ganadera. Por ello, y ante la falta de regulación específica de estos centros de rescate y recuperación de animales, se les aplica la normativa vigente en ganadería y son considerados a efectos legales como «explotaciones ganaderas» a pesar de que nunca explotarán a aquellos seres que vivan allí. Esto conlleva problemas importantes, no sólo derivados de esta consideración, sino derivados del hecho de que se aplique una normativa ganadera orientada a controlar la salud de estos animales para su consumo humano. Esto supone que cualquier enfermedad o incidencia en los animales sea tratada de la forma en que sería tratada en los animales destinados al consumo, es decir, enviándolos a su sacrificio, en vez de buscar su tratamiento y curación, olvidando que los animales nunca serán consumidos sino que vivirán libres hasta el fin de sus días, como miembros individuales de una gran familia.
Por otra parte, nos encontramos con otra disyuntiva, y es el hecho de que muchos de estos animales son rescatados y recuperados en estos centros a instancia de la Administración, o ante la ausencia de centros públicos que se hagan cargo de ellos. Esto conlleva que los santuarios (a los que no se facilita en absoluto su labor) se vean en el compromiso de hacerse cargo de animales abandonados, con el fin de evitar que sean sacrificados. Es decir, que no sólo no se legisla a fin de reconocer su finalidad específica sino que también nos valemos de ellos, ante los vacíos en la protección de estos animales.
