El año 1939 fue especialmente significativo en lo referente a la configuración urbanística de este enclave del Mercado, tal y como lo conocemos en la actualidad, pues en esta fecha será cuando se derriben los edificios existentes (uno de ellos Casa del Duque de Béjar), entre ambas plazas y se una el espacio entre la plaza del Mercado (actual Plaça de les Flors) y la Plaça de la Fruita.

En 1959 se derribó el edificio del mercado de 1939 -que a su vez precede a otros muchos anteriores con distintos usos y dimensiones-, y se replanteó el nuevo y actual Mercado Central de Abastos, cuyo proyecto es redactado por el mismo arquitecto que el anterior, Santiago Pérez Aracil en 1956, pero en este caso desarrollado en dos plantas y con una mayor ocupación que prácticamente colmataría el espacio entre las dos plazas.

«El nuevo edificio mantuvo la planta rectangular y la planta baja abierta al exterior, con puestos de venta en ambos sentidos, con un planteamiento de cubierta a dos aguas similar pero de líneas más sobrias y prismáticas, perdiendo los últimos vestigios de autenticidad que pudieran tener las edificaciones anteriores», según se recoge en el Plan de Reforma Interior (PRI) sobre esta zona que el Ayuntamiento de Elche concluyó en abril de 2013. Las obras del actual mercado finalizaron junto con una última reforma en el año 1962. En el año 1977 se derribaría la vieja pescadería, último pabellón del antiguo mercado del siglo XIX.

No se volverá a actuar significativamente en el edificio principal hasta el año 1990, con la adecuación y mejora de las cubiertas y cerramientos exteriores, con la colocación de las fábricas de ladrillos de vidrio en sustitución de la carpintería de los huecos exteriores.

En 1995, a raíz de una moción plenaria se aprobó instalar un ascensor, puertas automáticas y rejas en la planta baja.