La Audiencia Nacional quería investigar también si cometió un delito fiscal a través de la empresa Danforth Investments, con sede en Islas Vírgenes Británicas, de la que fue apoderado antes de llegar a la entidad financiera. Asimismo, estaba pendiente la apertura de juicio oral contra él y el ex director general de Caja Madrid Ildefonso Sánchez Barcoj por un delito de administración desleal continuada en relación con sobresueldos en la entidad, delitos por los que el fiscal solicitaba cuatro años de prisión.
En enero de 2015, la Fiscalía Anticorrupción denunció ante la justicia presuntas irregularidades en las retribuciones recibidas por la cúpula de Caja Madrid entre 2007 y 2010, por el incremento irregular de sueldos, indemnizaciones y planes de pensiones supuestamente fraudulentos de Caja Madrid durante la época de Blesa como presidente.
Blesa y el resto del comité de dirección de Caja Madrid habrían percibido entre 2008 y 2010 un total de 8,57 millones de euros de forma «irregular» mediante incrementos de sueldos fijos y variables anómalos, deducciones fiscales fraudulentas que repercutieron en la caja cuando eran computables a los directivos, e indemnizaciones por despido. Asimismo, y de forma paralela a la instrucción del caso Bankia, en el que Blesa no estaba incluido, el juez de la Audiencia Nacional Fernando Andreu reactivaba la pieza separada que investiga a la excúpula de Caja Madrid por las preferentes.
