Uno de los factores por los que el Banco de España consideraba en julio de 2010 que Bancaja tenía solvencia era que su «capacidad de emisión de participaciones preferentes es de 1.097 millones de euros [tras sumar los ya emitidos 964 millones] y de financiación subordinada estándar, los 927 millones». Visto en el contexto, la indicación resulta sorprendente. En especial si tenemos en cuenta que el 12 de septiembre de 2010, es decir, dos meses después del informe sobre Bancaja, el comité de Basilea para la supervisión bancaria, del que el Banco de España forma parte como miembro de pleno derecho desde 2001, acordó que las participaciones preferentes y la deuda subordinada dejaran de computar como capital.

Tras la quiebra de Lehman Brothers en septiembre de 2008 y el cierre a cal y canto de los mercados financieros que le sucedió, las entidades bancarias se lanzaron a una carrera por incrementar su capital para ser más solventes. Muchos bancos y cajas de ahorros españolas se decantaron por las preferentes, un producto híbrido con una remuneración significativamente más alta que los depósitos a plazo fijo, pero con la particularidad de que eran perpetuas. El Gobierno y el Banco de España apadrinaron esta fórmula. Bancaja lanzó en 2009 una emisión de deuda subordinada de mil millones y tenía vigentes otras emisiones de 1999 y 2000 de preferentes, ya citadas. Caja Madrid, en 2009, lanzó la mayor emisión de preferentes, por valor de 3.000 millones. Tras el acuerdo de Basilea III, las entidades financieras empezaron a deshacerse de estos productos, que ya no les servían de capital y que eran muy onerosos, y a cambiarlos por acciones, que sí computaban como capital. El pato lo pagaron los clientes de las entidades nacionalizadas, como Bankia, dado que la Comisión Europea obligó a España a canjear esos productos híbridos con fuertes descuentos a cambio del rescate.

Por otro lado, el informe del Banco de España asegura que a 31 de marzo de 2010, el gap comercial de Bancaja (diferencia entre los ingresos del activo y los gastos del pasivo) «presentaba una evolución desfavorable en el año de 662 millones».