Los fondos de Ciencias Naturales del IES Jorge Juan están integrados por diferentes colecciones. La más importante, la de fósiles que dejó en el centro Jiménez de Cisneros, más de 10.000 ejemplares de 1.500 especies distintas. Además, lo integran piezas que los herederos dejaron al centro en depósito. Otro de los fondos destacados, y que no se encuentra en muy buenas condiciones de conservación, es el herbario de la flora alicantina que donó el catedrático de Ciencias Naturales Abelardo Rigual Magallón y que incluye numerosas especies endémicas y en peligro de extinción.
Los instrumentos científicos del Departamento de Física y Química constituyen otra colección interesante, pues proceden del siglo XIX y principios del XX, además de libros antiguos relacionados con los instrumentos y manuales de uso. Dentro de los fondos del Departamento de Ciencias de la Naturaleza, se encuentran 800 ejemplares de minerales y rocas; 600 especies de conchas del mundo; una colección de aves, de la que cada vez se conservan menos ejemplares de los 415 iniciales; 100 ejemplares de peces, anfibios, reptiles y mamíferos, y una colección de láminas de anatomía y fisiología vegetal y animal de finales del XIX y principios del XX.
Por último, forma parte de este centro el valioso legado de Rafael Altamira, el fondo documental más importante del historiador y jurista, que incluye documentos privados, cartas, manuscritos y parte de su biblioteca particular. Destaca también una colección de modelos anatómicos del siglo XIX y 50 maquetas de maquinaria agrícola de los años 30.
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