El Tribunal de Cuentas ha emitido un duro informe de fiscalización del consorcio público Casa del Mediterráneo en los años 2014 y 2015 en el que censura las cuentas publicadas, porque «no expresan la imagen fiel del patrimonio de la entidad», con sede en Alicante, que ya fue objeto de un procedimiento del Tribunal de Cuentas por irregularidades en su primer año de actividad, en 2010. El nuevo informe indica que las actividades se hacen «sin planificación formal» en la que figuren detalles sobre su finalidad, condiciones o sobre otros organizadores, lo que «impide realizar una valoración objetiva del resultado de las actividades» y sobre si corresponden a sus fines.
El Tribunal subraya que en los estatutos de la Casa figuran unos fines «de gran amplitud» y «ambigüedad», y que compiten con otras 'casas' (Árabe, Centro Sefarad-Israel y Casa África, principalmente). También ve ambiguo el sistema de financiación. El Tribunal sospecha que pudo haber fraccionamiento de contratos en las obras de rehabilitación de su sede, la antigua estación de Benalúa (3,7 millones de euros, de ellos 1,4 millones de una subvención del Ministerio de Fomento) y habilitación temporal de espacios sin licencia municipal.
