Los visitantes al museo se encuentran con dos salas diferenciadas. En una de ellas se exponen enormes fotos antiguas de la isla sobre las que se proyecta el audiovisual sobre el hombre y el mar. En la segunda sala se presenta la exposición en sí misma. Allí, y bajo el eslogan «la mejor forma de conservar es conocer», se pretende difundir los valores de la isla, la más pequeña habitada del Mediterráneo, tanto a los visitantes como a los propios isleños. En las vitrinas, murales y expositores del museo se pueden ver los materiales geológicos que forman la isla, su topografía, su fauna y flora y sus fondos marinos. Los visitantes pueden dar un paseo virtual por los puntos más emblemáticos de la isla y viajar con los vientos en un tour interactivo, conocer el pasado, el poblamiento, la arquitectura y los monumentos de la isla, un archipiélago en realidad, como destaca el director, para enlazar con la parte etnológica centrada en la pesca y la íntima relación con el mar, con la reserva marina como protagonista.
