Minimizar las emisiones nocivas a la atmósfera durante los procesos de gestión de los residuos es una prioridad para el CETRA, que cuenta con un exhaustivo plan de vigilancia ambiental. Así, encarga a empresas especializadas diferentes controles sobre las emisiones sonoras, lixiviados, aguas pluviales, aguas subterráneas y emisiones a la atmósfera. Además, el Centro de Tratamiento de Residuos de Alicante somete a control a la avifauna que visita la planta mediante cetrería y otros métodos con el objetivo de ahuyentar las aves y evitar que sufran daños. Dos rapaces se encargan del control de las gaviotas (águila de harris) y del de las palomas, tórtolas, mirlos, urracas... (halcón peregrino). Además, cuenta con un cañón de gas y de ahuyentadores de sonido.
